O Atheneu Sergipense, fundado em 24 de outubro de 1870 por Francisco Cardoso Júnior (presidente da Província de Sergipe) contava com dois cursos: um de Humanidades e outro Normal. Assim, o Atheneu Sergipense foi o primeiro estabelecimento de Instrução Pública da Província de Sergipe. Seu primeiro diretor foi o Dr. Manoel Luiz Azevedo d’Araújo.
Instalado inicialmente em uma casa oferecida pela Câmara Municipal. Seu novo prédio foi erguido em dezembro de 1872, situado na Praça da Conceição. Foi mudando de endereço durantes alguns anos, mas em 1950 instalou-se na Praça Graccho Cardoso, sua atual sede.
O Atheneu teve várias denominações: Atheneu Sergipense (1870), Lyceu Secundário de Sergipe (1881), Escola Normal de Dois Graus (1882), Atheneu Sergipense (1890), Atheneu Pedro II (1925), Atheneu Sergipense (1938), Colégio de Sergipe (1942), Colégio Estadual de Sergipe (1943), Colégio Estadual Atheneu Sergipense (1970), e atualmente Centro de Excelência Atheneu Sergipense.
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